SNP介紹及其應用
SNP(SingleNucleotidePolymorphisms)是指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多态性,在群體中的發生頻率不小于1%。包括單個堿基的轉換、颠換、插入和缺失等。SNP在動物基因組中分布廣泛,每一個核苷酸發生突變的概率大約爲10-9。由于選擇壓力,SNP在單個基因、整個基因組中以及種群間的分布是不均勻的。
SNP分析技術按其研究對象主要分爲兩大類,即:一是對未知SNP進行分析,即找尋未知的SNP或确定某一未知SNP與某遺傳病的關系。但這些方法隻能發現含有SNP的DNA鏈,不能确知突變的位置和堿基類别,要想做到這一點,必須對那些含有SNP的DNA鏈進行測序。二是對已知SNP進行分析,即對不同群體SNP遺傳多樣性檢測或在臨床上對已知緻病基因的遺傳病進行基因診斷。由于人類基因工程的帶動,許多物種都已開始了基因組的項目,并建立了大量數據庫,比較這些來自不同實驗室不同個體的序列,就可以檢測到SNP。
固德生物FLu-Arms技術優勢
針對已知 SNP 進行分析, FLu-Arms方法和KASP等競争性等位基因特異性PCR類似(Competitive Allele Specific PCR),對目标SNPs和InDels進行精準的雙等位基因分型。通過兩個位點特異探針以及2個熒光探針來檢則多個SNP位點,以及利用開發的全自動一體化DNA抽提、熒光定量PCR工作平台,快速檢測大量SNP位點,在醫學、農學檢測方面 FLu-Arms都有非常好的應用。
· 檢測成本低;不需要每個SNP位點都去合成特異的熒光引物,它基于自己獨特的ARM PCR原理,讓所有的位點檢測最終都使用通用熒光引物擴增,這大大降低了試劑成本。合成的探針可用于上千樣本的檢測。
· 檢測時間短;全自動的工作平台及超大通量,使得實驗最短的時間内完成檢測。
· 檢測通量高;自動一體化DNA抽提、熒光定量PCR工作平台,使得能夠批量操作96通道或384通道樣品,處理及加樣的一緻性較好,實現大量樣品及位點檢測。
· 結果準确分型:基于終端熒光讀取判斷,每孔采用雙色熒光檢測一個樣本的一個位點可能的兩種基因型,不同的SNP模闆對應不同的熒光産物。所以這項技術的準确度與金标準Taqman一緻。
· 一站式服務:從提供生物樣本開始,進行探針設計、DNA抽提、檢測到分析結果。提供省心省力的一站式服務。
SNP檢測流程
引物設計與驗證--DNA提取--反應體系制備---PCR上機--熒光讀取和數據分析
FLu-Arms技術介紹
完全标準化的PCR擴增程序
step 1 | 預變性 | 95℃ | 1 min | 1 循環 |
step 2 | 降落PCR | 95℃ | 5 s | 9 循環 |
63.4→57℃ -0.8℃/循環 | 15 s | |||
step 3 | 擴增 | 95℃ | 5 s | 35 循環 |
57.5℃ | 15 s | |||
step 4 | 讀闆 | 16℃ | 20 s (read) | 2 循環 |
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